É competência da Coordenação de Ambulatórios: coordenar a implementação de estratégias de interação entre os Centros que desenvolvem atividades assistenciais, em articulação com o ensino, pesquisa e desenvolvimento tecnológico na ENSP; contribuir na formulação de diretrizes e propostas que estruturem a política de serviços ambulatoriais; contribuir para a formulação e aprimoramento de políticas e iniciativas de qualificação e certificação voltadas para a melhoria contínua da qualidade e analisar projetos e propostas dos diversos setores no âmbito da atuação da Vice Direção de Ambulatórios e Laboratórios.

Três unidades assistenciais estão contempladas na Coordenação de Ambulatórios: o Centro de Estudos da Saúde do Trabalhador e Ecologia Humana (CESTEH), o Centro de Referência Professor Hélio Fraga (CRPHF) e o Centro de Saúde Escola Germano Sinval Faria (CSEGSF).

A Coordenação de Ambulatórios no período de 2017 a maio de 2021 tem como prioridade: apoiar a implementação das ações voltadas para a Segurança do Paciente; colaborar com os processos necessários à Acreditação; apoiar a implantação do prontuário eletrônico nos Centros , estabelecer parceria com outras unidades assistenciais da Fiocruz e com a Secretaria Municipal de Saúde do Rio de Janeiro com vistas a promover a integração da Rede de Atenção à Saúde;  apoiar a integração das ações de assistência, ensino e pesquisa no território de Manguinhos; apoiar os processos voltados para o monitoramento e avaliação do Projeto Teias-Manguinhos e implantar a política de gestão de equipamentos da Escola.