A Coordenação de Laboratórios  compete coordenar a implementação de estratégias de interação entre os Departamentos e Centros que desenvolvem atividades laboratoriais, em articulação com o ensino e a pesquisa na ENSP, contribuir na formulação de diretrizes e propostas que estruturem a política de serviços laboratoriais, propor diretrizes que ordenem a implementação e gestão de tecnologias, contribuir para a formulação e aprimoramento de políticas e iniciativas de qualificação e certificação a fim de atender às exigências nacionais e internacionais e analisar projetos e propostas dos diversos setores no âmbito da atuação da Vice Direção.

Atualmente contempla um Laboratório de Referência Nacional em Tuberculose e Micobacterioses, situado no CRPHF, e 12 Laboratórios de Saúde Pública, no campus Ensp, divididos em 6 departamentos: Departamento de Ciências Biológicas (DCB), Centro de Saúde Escola Germano Sinval Faria (CSEGSF), Departamento de Saneamento e Saúde Ambiental (DSSA), Centro de Estudos da Saúde do Trabalhador e Ecologia Humana (CESTEH), Departamento de Epidemiologia e Métodos Quantitativos em Saúde (DEMQS) e Departamento de Endemias Samuel Pessoa (DENSP).

O plano de trabalho vigente (2017/2021) tem como prioridades comuns: estruturar o biorrepositório da Escola; implantar a política de gestão de equipamentos; implementar o sistema de plataformas tecnológicas; coordenar a Central de Esterilização; melhorar e fortalecer o escopo de atividades dos componentes, contribuindo para uma gestão integrada entre ambiente, qualidade e biossegurança, incluindo as questões relacionadas a saúde do trabalhador.