O planejamento da direção para a atual gestão, com vistas a estabelecer prioridades e definir metas para o período de 2018 a 2020 da Escola foi realizado em 2017 por meio de uma oficina geral e uma série de reuniões temáticas. 

No âmbito dos serviços de saúde e laboratórios de pesquisa, quatro objetivos estratégicos foram definidos, a saber: 
1. Fortalecer a política de qualidade, biossegurança e sustentabilidade na ENSP com destaque para os ambulatórios e laboratórios;
2. Fortalecer a rede de vigilância em saúde nos laboratórios de referência; 
3. Integrar ações de assistência, ensino, pesquisa e comunicação no território de Manguinhos; 
4. Fomentar a formação de redes colaborativas entre pesquisadores, ensino, serviços e plataformas tecnológicas na ENSP; 
5. Estabelecer política para criação e manutenção dos laboratórios da ENSP. 

O primeiro objetivo tem a vice-direção de Desenvolvimento Institucional e Gestão como responsável e o terceiro e quarto objetivos uma parceria da Vice-direção de Ambulatórios e Laboratórios e a Vice-direção de Pesquisa.